В школьном отделении питомника, в отличие от посевного, основную вспашку почвы проводят на большую глубину, система же обработки почвы на полях севооборота аналогична применяемой в посевном отделении. Глубина вспашки почвы в школьном отделении определяется размерами корневых систем выращиваемых саженцев. В первой школе основную вспашку в лесной и лесостепной зонах выполняют на глубину 30-35 см, а в степной зоне - на 35-40 см. Во второй школе, соответственно, на глубину 35-40 и 40 - 50 см, а в третьей школе - на 45-50 и 55-65 см.
Для обработки почвы на глубину до 40 см применяют навесные плуги общего сельскохозяйственного назначения: ПН-3-40, ПЛН-3-35 с почвоуглубителями, ПЛН-4-35 с корпусами для безотвальной пахоты или почвоуглубителями. Для обработки почвы до глубины 50 см используют плантажный плуг ППН-40, а для вспашки до 60 см - плантажные плуги ППН-50 и ППУ-50А. При вспашке оборот пласта делают на глубину залегания гумусного или окультуренного горизонта с дополнительным рыхлением нижележащих горизонтов на требуемую глубину вспашки.
Основную вспашку почвы на указанную глубину проводят после выкопки посадочного материала при подготовке полей под пар или под посев многолетних трав. Дальнейший уход за почвой на полях севооборота такой же, как в посевном отделении. На паровых полях хорошие результаты по уничтожению многолетних сорняков получают от применения гербицидов в сочетании с механической обработкой. Внесение органических удобрений, известкование или гипсование на сидеральных и чистых паровых полях (так же, как и в посевном отделении) проводят с учетом биологических особенностей выращиваемых пород, механического и химического состава почв.
В школьном отделении независимо от глубины обработки почвы удобрение вносят в верхний 20-30 см слой, т. е. в зону основной массы корней.
Предпосадочную обработку почвы выполняют без оборота пласта на глубину посадки сеянцев или саженцев. В первой школе для рыхления почвы на глубину 25-30 см под посадку сеянцев или укорененных черенков применяют плуг ПКЛ-4-35 (с безотвальными корпусами) и бороны или культиватор-рыхлитель КРГ-3,6. Для посадки саженцев во второй и третьей школах почву рыхлят на 45-50 см плантажными плугами без отвалов с одновременным боронованием. Дополнительная предпосадочная обработка почвы включает выравнивание почвы и более тщательное рыхление почвенными фрезами (ФП-2, ФПШ-1,3).